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这是目前新冠病毒核酸检测最常用的方法。 但下列因素可能导致检测结果出现误差： 保存不当或未及时送检：RNA病毒很容易降解，因此，获得患者样本后，需要规范地保存，并尽快进行检测。 否则，很可能导致检测结果不准确。 结果解读错误：目前批准的检测产品都是根据新型冠状病毒基因组中开放读码框1a/b、包膜蛋白和核衣壳蛋白进行选择。 但不同产品的检测引物、探针设计存在不同，有单靶区段、双靶区段、三靶区段的检测和判读差别。 因此，如果没有严格按照不同的说明书进行判读，有可能导致结果判断错误。 2.联合探针锚定聚合测序法 这种检测主要是用专门的仪器检测测序载片上DNA纳米球携带的基因序列。 这种检测的灵敏度高，不容易漏诊，但结果也容易受多种因素的影响而不准，包括：
最常见的检测新型冠状病毒特异性核酸序列的方法是荧光定量PCR（聚合酶链式反应）。 由于新型冠状病毒是RNA病毒，试剂盒检测基本都采用反转录加实时聚合酶链式反应法（RT-PCR），扩增病原体的核酸 (RNA) ，同时通过荧光探针实时检测扩增产物。 在PCR反应体系中，包含一对特异性引物以及一个Taqman探针，该探针为一段特异性寡核苷酸序列，两端分别标记了报告荧光基团和淬灭荧光基团。 探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收；如反应体系存在靶序列，PCR反应时探针与模板结合，DNA聚合酶沿模板利用酶的外切酶活性将探针酶切降解，报告基团与淬灭基团分离，发出荧光。 每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子产生。
再次，N 基因在新冠病毒的核酸序列中保守程度不及ORF1ab,故还可能 存在少数样本由于其他冠状病毒等的核酸序列与其有交叉，导致N 基因扩增阳性而ORF1ab 阴性。 6、结论 综上所述，目前新冠病毒所致疾病其病理过程及临床病程还未完全阐明，实验室检测路径未 标准化，加上其核酸检测试剂盒研发时间紧迫，没有足够的评估及大样本的临床验证，检测 效果良莠不齐，故对于临床上新冠病毒核酸检测结果为阴性或单通道阳性的样本均需要谨慎 对待，考虑到各环节中可能造成结果不准确的影响因素。
此外，核酸检测可以在感染的各个时期进行检测，但蛋白的检测则比较有局限性，要在感染7天后或是出现症状3-4天才能比较准确的反映感染情况。 两种检测方法，在样品制备、样品类型、设备要求以及专业要求和成本上也存在着差异。