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论文查重需要把参考文献放进去，其目的有三即：为了能反映出真实的科学依据；为了体现严肃的科学态度，分清是自己的观点或成果还是别人的观点或成果；为了对前人的科学成果表示尊重，同时也是为了指明引用资料出处，便于检索。
简单来说，按照学校要求的大纲架构和参考文献引用规范（GB/T-7714）去写论文，知网都能识别出参考文献部分，并在查重时自动剔除。 不仅是参考文献部分，诸如论文封面、目录、成果清单等内容也是不在查重范围内的。 而且，在查重报告中， 不纳入查重范围的参考文献、目录等内容都会以灰色字体显示，而正文则以黑色字体显示。 通过这点，也可以帮助我们判断知网是否成功识别了参考文献等无需查重的内容。 那么，有人可能会说： 干脆在查重前把参考文献部分删除不就行了吗？ 如果你自己掏钱购买的查重服务，确实可以考虑这么做。 但是像我所在的浙江大学，学校为学生购买了知网查重服务，并集成到研究生管理系统了，而且， 用于查重的论文版本也是最终送审的版本 。
考虑到论文封面、目录、参考文献、引用等内容的，因此，大家在提交论文进行知网查重之前应当将上述内容给予删除，以保障知网查重结果的准确性，不过也需要根据学校实际要求来删除。 此外，目前知网查重仅能够识别word形式的文章，学生在检测论文时候对于文档中的图片内容可以不予删除，其并不会影响知网查重结果的准确性。
查“去除引用文献复制比”的重复率目的是为了查不规范的行为，“去除本人已发表文献复制比”的查重主要目的是为了看文章在引用自己的文献之外还有多少是规范引用别人的和不规范的抄袭。 如果不规范的比率低，而所谓的注明出处的规范引用现象比较严重，也应该予以注意，加以改正 。 举例：如果“去除引用文献复制比”的重复率是8.8%，那按照当前的标准来看，这样的文章不算是抄袭，应该算是不规范引用，把出处加上去就可以了。 “去除本人已发表文献复制比”的重复率是43%，那么43%—8.8%=34.2%。 那这个34.2%就是引用他人文献有出处的重复率，就是属于规范的重复率。