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在2月中旬，日本理化学研究所RIKEN和《自然》方面分别就小保方晴子所遭受的学术不端指控开展了相关调查行动。 3月5日，RIKEN向外界公布了更多关于STAP细胞制备过程的详细情况， 并表示小保方研究中的其他实验方法将会发表在《自然》期刊的“实验方法交流” (Protocol Exchange)网页上。
4月1日，理研调查委员会公布最终调查结果，认定小保方晴子存在捏造及篡改共两项学术不端行为。 但小保方晴子既没有出席结果公布会，也并不服理研的结论。 她对外在一项声明中称自己“心中满是吃惊及愤怒”，并表示自己的行为并非“学术不端”，而只是“无心之失”。
紧接着，更严重的问题出现了。 小保方晴子在《自然》上发表的文章，明显重复使用了两张其博士学位论文上的图片，当时该图片是用于表示该细胞原本就处于胚胎状态的，而非STAP之后变为胚胎状态。 这引发了一系列要求《自然》撤回该文章的呼吁，最具破坏性的呼吁来自于该文章其中一位共同作者：山梨大学的克隆专家若山照彦，他表示对该文章已经失去信心。
12月19日早上当地时间10:30分 (北京时间9:30)，理化学研究所公开实验结果，小保方晴子没有出席记者会，但发布了一封公开信。 小保方晴子 (Obokata Haruko)和同事发现，将从新生小鼠身上分离的细胞暴露在弱酸性的环境中，能够使细胞恢复到未分化状态，并使其具备分化成任何细胞类型的潜能。 他们将这种现象称之为“刺激触发的多能性获得” (STAP)。 2014年1月29日，小保方团队将两篇研究论文发表在《自然》上——是的，两篇Nature，同一天内。 论文一发表就引起学界极大震动，一方面带来一片惊叹声，另一方面也引起部分人的怀疑。