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论文查重需要把参考文献放进去，其目的有三即：为了能反映出真实的科学依据；为了体现严肃的科学态度，分清是自己的观点或成果还是别人的观点或成果；为了对前人的科学成果表示尊重，同时也是为了指明引用资料出处，便于检索。
对于论文参与查重的部分而言，基本上所有内容都要进行查重（不排除所谓的引用）。 很多学生认为，论文写作过程中只要把从参考文献复制粘贴的内容加上参考引用（即右上角的标记）便可以避免被查重，对于这种情况，我只能很严肃地说，这种所谓的方法简直是无稽之谈，没有任何作用。
论文的撰写应本着严谨、求实的科学态度，凡有引用他人成果之处，均应按论文中所出现的先后次序列于参考文献中，并且只列出正文中以标注形式引用或参考的有关著作和论文，参考文献应按正文中出现的顺序列出直接引用的主要参考文献。 一般而言，无论是高校还是杂志社在对论文进行知网查重过程中，主要考虑的是论文的去除引用文献的重复率部分，这也可以在知网检测报告当中体现出来，知网报告当中有一个全文的重复率部分，还有一个部分是去除引用文献的重复率部分，因此，一般而言，即使论文作者对其他论文进行引用，只要引用格式正确，一般都会被知网论文查重软件自动识别为引用部分，以绿色字体标注，在去除引用文献部分的重复率会有所体现。
知网参考文献一般不查重，而且论文的参考文献是一般是不需要查重的，而且知网检测系统时，就算把全部的论文上传上去，知网检测查重系统也是可以识别正确的目录和参考文献并剔除，不参与正文检测。 但是也千万不要图省钱，把参考文献哪些不参考查重的地方省略了。